что можно изменить порядок параметров GET из запроса (в алфавитном порядке) до того, как он попадет в мое приложение?
Да, это возможно с mod_rewrite. Предположим, ваши параметры запроса: / a = 1 & b = 2
Правило перезаписи будет выглядеть, как показано ниже
RewriteCond %{QUERY_STRING} ^a=(.*)$
RewriteCond %{QUERY_STRING} ^b=(.*)$
RewriteRule ^(.*)$ http://localhost:8080/$1?b=%2&a=%1 [P,L]
Где localhost: 8080 - ваш сервер внутреннего приложения, я не пробовал, но должно работать.