Как регистрировать запросы, перенаправленные на fpm на Nginx

В конфигурации вашего сайта есть раздел для php. Вам просто нужно просто добавить директиву access_log в этот раздел

  location ~ .php$ {
    fastcgi_split_path_info ^(.+?\.php)(|/.*)$;
    include fastcgi_params;
    #NOTE: You should have "cgi.fix_pathinfo = 0;" in php.ini
    fastcgi_param PATH_TRANSLATED $document_root$fastcgi_script_name;
    # fastcgi_pass unix:/run/php/php7.0-fpm.sock;
    fastcgi_pass unix:/run/php/php5.6-fpm.sock;
    access_log /var/log/nginx/phpfpmonly-access.log;
  }