Это мог быть "рабочий каталог" проблема. Вы попытались делать ярлык на него на рабочем столе, затем щелкаете правой кнопкой, свойства, и изменение "запускается в" к папке, где php файл?
Если Вы используете CA MSWindows, можно использовать функцию автоприема сертификатов для развертывания Пользовательских и Компьютерных сертификатов через GPO.
Править: Вот ссылка на одну соответствующую статью Technet.
Надеюсь, это поможет.