Вы найденный Deny from all в чем-то как <Directory /var/www/html/> ? В этом случае можно просто попытаться удалить Deny from all и апач перезапуска
Deny from all
<Directory /var/www/html/>
У Вас есть эта строка в Вашем httpd.conf:
LoadModule php5_module/usr/lib/apache2/modules/libphp5.so
где php5_module имя модуля, которое необходимо использовать в операторе "IfModule".
php5_module