MySQL создает огромные файлы каждую ночь, снижая сервер

У меня есть сервер LEMP Ubuntu 12.04 с приложением магазина ontop, рабочий MySQL 5.5 как DB (в настоящее время, так как эта проблема запустилась, я уже переключился на Percona без успеха).

Так, текущие факты: каждую ночь мой контроль говорит мне, что сервер не является быстро реагирующим. Точное время варьируется. Это может снизиться в течение нескольких минут или даже нескольких часов. Это может запуститься приблизительно в 1 ночью или в любое другое время до 5. Munin и на шоу, что в это время iowait берет все ресурсы, используемые увеличения дискового пространства шагов со стороны ~2Gb. Сгладьте к заниманию всего доступного места.

Журнал медленного запроса Mysql ничего не показывает. Никакие медленные запросы в то время.

Журнал веб-сервера не показывает специального действия - просто общее использование веб-сайта, статичное, магазин, продукты, списки продуктов. Ничто дополнительное.

Нет никаких записей в кроне, который мог бы быть выполнен в то время, и это могло бы сделать что-либо с DB.

Mysql SHOW EVENTS пусто на всех базах данных. Журнал ошибок MySQL (с включенным входом предупреждений) ничего не имеет за один раз. Что-то появляется там, но только когда диск полон, таков как:

151028  4:03:54 [ERROR] Got an error from unknown thread, /mnt/workspace/percona-server-5.5-debian-binary/label_exp/ubuntu-precise-64bit/percona-server-5.5-5.5.45-rel37.4/storage/myisam/mi_write.c:226
151028  4:03:54 [ERROR] /usr/sbin/mysqld: Incorrect key file for table '/tmp/#sql_5e90_21.MYI'; try to repair it
151028  4:03:54 [ERROR] Got an error from unknown thread, /mnt/workspace/percona-server-5.5-debian-binary/label_exp/ubuntu-precise-64bit/percona-server-5.5-5.5.45-rel37.4/storage/myisam/mi_write.c:226
151028  4:03:54 [ERROR] /usr/sbin/mysqld: Incorrect key file for table '/tmp/#sql_5e90_20.MYI'; try to repair it
151028  4:03:54 [ERROR] Got an error from unknown thread, /mnt/workspace/percona-server-5.5-debian-binary/label_exp/ubuntu-precise-64bit/percona-server-5.5-5.5.45-rel37.4/storage/myisam/mi_write.c:226

Вот некоторые munin графики: использование ЦП, Использование дискового пространства (Вы видите некоторые пики на этом графике - это не нормально для нашего сервера, не было никаких пиков до того, когда это запустилось).

Это запустилось некоторое время назад, прежде чем тот сервер был хорошо, и сервер никогда не требовал таких количеств дискового пространства.