Используйте полный путь к php scotchbox.
Примерно так:
/path/to/scotchbox/php 'php commands'
Вместо:
php 'php commands'
Это то, о чем вы спрашиваете? [примечание: я понятия не имею, что такое scotchbox, альтернативные версии php - это стандартные вещи, поэтому я предполагаю, что в этом типе нет ничего особенного.]