apache2 показывает каталог и папки моей веб-страницы после установки самозаверяющего сертификата ssl.

Добавили ли вы новый VirtualHost в существующую конфигурацию apache?

В этом случае вам следует проверить содержимое этого раздела и убедиться, что индекс и обработка php настроены правильно (это зависит от того, как вы используете php, mod_php или fastcgi ecc). вы можете сравнить конфигурацию http с новым VirtualHost.