Кв. без просит ночью удалять некоторые пакеты

Сегодня я пришел к работе и нашел, что некоторые мои сценарии жемчуга на сервере работы - не работают. Проблема состоит в том, что сценарии не могут найти некоторые библиотеки, которые должны работать. Однако только вчера, эти библиотеки были установлены, и сценарии работаются! Кажется, что пакеты были удалены из системы! После рассмотрения журналов я нашел эту запись в /var/log/apt/history.log

Дата начала: 26.09.2014 6:10:33 Удаляет: libclass-load-perl:amd64 (0.17-1), rrdtool:amd64 (1.4.7-2), libyaml-syck-perl:amd64 (1.20-1)... ПРОПУЩЕННЫЙ ДРУГОЙ ГЛАВНЫМ ОБРАЗОМ Perl Дата окончания PACKGES: 26.09.2014 6:10:41

НО!

1 не было никого на сервере в это время, и никто не удалит эти пакеты.

2. Возможно, сервер был взломан, но сначала очевидные знаки взламывания не являются видимыми, и во-вторых очень странными, что взломщик был бы решенный для удаления этих пакетов

3 Всех других записи в /var/log/apt/history.log - также имеют другую строку CommandLine: - и в этом случае это отсутствует.

Что, возможно, произошло?

ОБНОВЛЕНИЕ:

За неделю до этого (2014-09-19) я произвел чистку munin (но не munin-узел!). Возможно, это удалило пакеты, автоудаляют предложение для munin? Но поскольку я знаю, 'автоудаляют', не является действительно 'автоматическим', и этому нужна ручная проверка, прежде чем удалят что-то

UPDATE2:

1. необслуживаемые обновления - не установленный
2. /etc/apt/apt.conf.d/01autoremove

APT
{
  NeverAutoRemove
  {
        "^firmware-linux.*";
        "^linux-firmware$";
        "^linux-image.*";
        "^kfreebsd-image.*";
        "^linux-restricted-modules.*";
        "^linux-ubuntu-modules-.*";
        "^gnumach$";
        "^gnumach-image.*";
  };

  Never-MarkAuto-Sections
  {
        "metapackages";
        "restricted/metapackages";
        "universe/metapackages";
        "multiverse/metapackages";
        "oldlibs";
        "restricted/oldlibs";
        "universe/oldlibs";
        "multiverse/oldlibs";
  };
};