После сложной диаграммы Ваш вопрос и решение действительно просты.
Сохраните все настройки, которые Вы сделали в графическом интерфейсе как "моя сессия", а затем загрузите эту сессию из командной строки:
d:\path\to\putty.exe -load "my session"
Опция
-load
заставляет PuTTY загрузить детали конфигурации из сохраненной сессии. Если эти данные включают в себя имя хоста, то эта опция - все, что вам нужно, чтобы PuTTY запустила сессию (хотя Plink все еще требует явно указанного имени хоста).
Вам нужны двойные кавычки вокруг имени сессии, если оно содержит пробелы.