Если Вы получаете сценарий с
# . script
или
# source script
средства, которые сценарий выполняет в текущей оболочке.
Если Вы работаете
# ./script
Это будет работать в новой оболочке и не будет иметь доступа к набору переменных в текущей оболочке, которые не были экспортированы в среду с "экспортом".
Если Вы не будете уверены, проверьте, что Вы не выполняете CP как псевдоним (от Вашего CP псевдонима "типа оболочки"), если у Вас не будет дополнительных параметров (особенно-n), то CP-R перезапишет файлы в desti_dir, если у Вас не будет проблемы с полномочиями.
Но если необходимо быть уверены, можно выполнить разность для сравнения обоих каталогов
diff source_dir/ dest_dir/