Когда дело доходит до стабильного и безопасного я пошел бы для встроенных инструментов для каждой ОС. Для Windows это - diskpart, который может уменьшить и расширить разделы насколько я знаю, хотя он, очевидно, ограничен в том, что он может сделать к загрузочному тому, если Вы не загружаетесь, говорят, что Windows PE от диска и выполняет его (=boot медиа установки и ясно показывает командную строку, ctrl/shift f10 или что-то).
Для Linux или общего использования я согласился бы с GParted - это ничего еще не облицевало кирпичом для меня включая некоторых, усложнил фрагментированные диски NTFS+HFS+EXT3, но это перестало работать при выполнении задач время от времени, не причиняя очевидного вреда хотя (все же ^^)...
Ваша первая трассировка выглядит несколько странной. Поскольку jneves указывает, что ssh предполагает, что файл содержит Ваши открытые и закрытые ключи. В документации говорится, что "идентификационные данные" являются закрытым ключом.
-i identity_file
Selects a file from which the identity (private key) for RSA or DSA authentication is
read.
Если у Вас действительно есть два ключа в одном файле (понятия не имел, что это возможно), необходимо, вероятно, разделить их. В любом случае кажется, что Вы не соответствуете документации.