Переписать с xy.domain.com на domain.com/xy в Nginx

Для правильного ответа недостаточно предоставленной информации.

Для перенаправления с «blog.domain.com» на «domain.com/blog» вы можете использовать, например:

...
server
{
   ...
   server_name blog.domain.com;
   ...
   return 301 $scheme://domain.com/blog;
}
...