Apache Server Compatibility with PCI

Да, это так.

_{(Как и в случае с любым другим программным обеспечением, при условии наличия обновлений и исправлений безопасности, а также при правильной настройке.)}

Следуйте тегу pci-dss и закажите / выполните поиск, чтобы найти ряд действительно хороших вопросов и ответов по этой теме.