Для преобразования от DER до base64 можно использовать certutil:
certutil -encode filename.cer newfilename.cer
И от base64 до DER, можно использовать:
certutil -decode filename.cer newfilename.cer
Поскольку Вы имеете эти openssl
, наклеивают Ваш вопрос, необходимо использовать:
openssl x509 -inform der -in infile.cer -out outfile.cer
В обратном направлении:
openssl x509 -outform der -in infile.cer -out outfile.cer