Если Ваши bzip2 файлы имеют стандарт bz2 расширение, попробуйте это:
find some_dir_with_bzip2_files -name *.bz2 -exec bunzip2 {} \;
Полный пример:
$ tree a a ├── b │ ├── d │ ├── file.four │ └── file.three ├── c │ └── e │ ├── file.seven.bz2 │ └── file.six.bz2 ├── file.one.bz2 └── file.two.bz2 $ find a -name *.bz2 -exec bunzip2 {} \; $ tree a a ├── b │ ├── d │ ├── file.four │ └── file.three ├── c │ └── e │ ├── file.seven │ └── file.six ├── file.one └── file.two