может logstash упаковать отдельные типы журналов в пакеты и передать их через scp на центральный узел?

Добраться до этого можно с помощью комбинации выходных данных file {} и выходных данных exec {} , которые выполняются по расписанию и вызывают сценарий для архивирования и передачи файлов, созданных в результате вывода file {} . Я бы не стал называть это "из коробки", но вы можете это сделать.