Анти-Вирусная проблема автоматического обновления с прокси сквида Linux

Вы ничего не сказали о том, как клиенты используют Сквид. Действительно ли это - прозрачный прокси, или Вы устанавливаете информацию Прокси в каждом клиентском браузере?

Так или иначе: Посмотрите, имеет ли Ваше Антивирусное программное обеспечение настраивать опцию для использования Прокси. Они обычно делают.