У меня, вероятно, были бы отдельные объемы в следующих точках монтирования:
/
/usr/local/www
/var/log
/var/db/mysql
Я думаю, что sphider - то, что Вы ищете - у нас были хорошо результаты с ним прежде. Плюс он может индексировать pdfs и документы, который очень полезен
http://www.sphider.eu/