Вероятно, не самый полезный ответ, но Вы попробовали другую подсистему балансировки нагрузки? Только предлагая это, поскольку у Вас не было ответа в 6 + дни теперь :-)
Что-то как HAproxy (http://haproxy.1wt.eu) довольно хорошо и не требует, чтобы огромный объем установки выполнил большинство задач, вот демонстрационная конфигурация сайта:
listen corporate_web_live
bind 1.2.3.4:80 # www.site.com
bind 1.2.3.5:80 # www.site.net
option httpchk HEAD /server.txt HTTP/1.0
cookie HAPSRV insert postonly indirect
server webapp-corp-1 10.0.0.1:80 weight 50 maxconn 150 slowstart 30s cookie WAC1 check
server webapp-corp-2 10.0.0.2:80 weight 50 maxconn 150 slowstart 30s cookie WAC2 check
Это записано Willy Tarreau, который поддерживает дерево ядра Linux 2.4 и последовательно сравнивался, обрабатывая 10 Гбит/с + пропускной способности на относительно распространенных аппаратных средствах. Обработка завершения SSL с Apache + mod_ssl или stunnel очень возможна также.
При обработке Трафика HTTP это может также сделать некоторый очень броский материал Layer7, и это поддерживает балансировку других протоколов также, поддержка SMTP довольно полезна для меня!
Рискуя тем, чтобы не ответить на Ваш вопрос - я не понимаю, что потребность мультиразместить Ваш DCS - просто поместила их на их собственную подсеть (VLAN лучше), который routable от любой подсети, которой нужен он. Это избегает проблемы DNS разделения полностью.
Я соглашаюсь с комментарием @Ed Фри об установке сайтов - это было моей мыслью начальной буквы также - если необходимо было сохранить ту же топологию сети затем, это - возможно, подходящий способ сделать вещи.
Все еще отказ от много размещения был бы моим предпочтительным (и поскольку Ed указывает, что MS рекомендовал), метод.
Я подозреваю, что мультидомашняя установка OP является попыткой решить вопросы или с DHCP или с Wins.