Как обходное решение можно использовать директиву PHPIniDir в Конфигурации Apache для принуждения PHP к использованию конкретный файл php.ini
<IfModule mod_php5.c>
PHPIniDir "usr/local/lib"
</IfModule>
Теперь, когда должен вынудить PHP использовать Ваш файл php.ini.
Если ее измененный в новой версии, Вы не должны должны быть изменять его.