Я пробежал бы процедуру, на которую ссылаются в статье ниже для восстановления счетчиков производительности на проблемной машине. Я не видел точно признака, о котором Вы сообщаете, но я нашел, что эта процедура помогает с общей странностью счетчика производительности в большинстве случаев.
Я испытал затруднения, заставив FCGI и PHP сосуществовать мирно с IIS6 на моем сервере также, хотя у меня были различные проблемы. На основе того, что Вы отправили из своего файла fcgiext.ini, похоже на необходимость в немного отличающихся параметрах конфигурации а именно, ExePath должен быть установлен вместо расширения. Вот отрывок из файла fcgiext.ini на моем рабочем сервере, размещающем несколько дюжин сайтов:
[Types]
php:633747741=PHP-TEST
php=PHP-Production
[PHP-Production]
ExePath="C:\Program Files\PHP-5.2.10-nts-vc6\php-cgi.exe"
EnvironmentVars=PHPRC:C:\Program Files\PHP-5.2.10-nts-vc6
InstanceMaxRequests=1000
ActivityTimeout=1200
RequestTimeout=1800
MaxInstances=100
[PHP-TEST]
ExePath="C:\Program Files\php-5.2.12-nts\php-cgi.exe"
EnvironmentVars=PHPRC:C:\Program Files\php-5.2.12-nts
InstanceMaxRequests=5
ActivityTimeout=1200
RequestTimeout=1800
MaxInstances=100
У меня есть две различных конфигурации определенного PHP (PHP-производство и PHP-ТЕСТ), и я установил конфигурацию по умолчанию, чтобы быть PHP-производством. Я указал, чтобы сайт IIS номер 633747741 использовал PHP-ТЕСТ конфигурации вместо этого.