Так как Вы упомянули Gnome, я предположу, что Вы используете GDM.
Необходимо будет создать новый .desktop файл для пользовательского UI. Поместите этот файл или в/etc/X11/sessions или в/usr/share/xsessions. Местоположение будет варьироваться в зависимости от Вашего распределения.
Можно посмотреть на файл Gnome, который должен уже там видеть опции. Онлайн существует также документация. Вы могли бы хотеть посмотреть на Конфигурацию GDM и Настольную Спецификацию Записи.
Можно использовать команду тайм-аута:
30-е тайм-аута my_command my_args
См. страницу справочника для деталей.
Вопрос состоит в том, почему Ваш рыть процесс, подвешивающий первое место. Попытайтесь выполнить его под некоторыми отладчиками как ltrace и strace, или даже под ddd и посмотрите, почему это зависает. При нахождении чего-нибудь необычным сообщением это как ошибка это - единственный способ, которым поправляется программное обеспечение с открытым исходным кодом.
Выройте должен испытать таймаут, однако что-то может быть повреждено в Вашей сети.