Вы не упоминали, какую файловую систему Вы используете.
Если текущий каталог исчезнет, то "ls" ничего не покажет. Например:
$ mkdir tmp
$ cd tmp
$ cp /etc/passwd /etc/group .
$ ls
passwd group
$ rm -rf $(pwd)
$ ls
(empty)
$ mkdir $(pwd); cp /etc/passwd /etc/group $(pwd)
$ ls
(empty)
$ ls $(pwd)
passwd group
$ ls -lid . $(pwd)
(show different inodes)
$ cd $(pwd)
$ ls
passwd group
Чтобы netstat успешно выполнился, я полагаю, что у Вас должен быть смонтированный/proc.
Есть ли некоторый странный побочный эффект в способе, которым Вы выполняете updatedb? Если бы это восстанавливаемо, возможно, требуется выполнить updatedb, не отбрасывая вывод, особенно stderr, видеть, видите ли Вы что-то интересное?
Я предпочел бы HAProxy и Varnish по сквиду в это время для кэширования статического содержания. Другой большой и ОЧЕНЬ эффективный путь состоит в том, чтобы кэшировать SQL-запросы с memcached
Когда у Вас будет шанс иметь несколько серверов, стремитесь к нескольким экземплярам языка чероки, Nginx или Apache наряду с MySQL или PosgreSQL и memcached.
Удачи!