Как HD говорит, существует известная ошибка в более старых версиях конфетки что, если будет 2 или больше конфликта ona, то единственная конфетка пакета зафиксирует первый и затем залог на втором (здесь конфликты для обоих.i? 86 и .x86_64 рассчитывают один каждый).
Можно или получить бета-версию конфетки для 5,4, или удалить одну из дуг... или вручную обновить e2fsprogs также (таким образом, нет никакого конфликта).