это вызвано тем, что хост, ОС (и агент DPM) не имеет доступа к разделу, который VM использует дизайном.
Не уверенный, если бы это поддерживается в 2010 DPM, но другая опция состояла бы в том, чтобы переключиться назад на статические файлы VHD (не dymanicly расширяющийся). Я предполагаю, что нет 'огромной' разницы в производительности между физическими дисками и статическим VHDs так или иначе, но возможно Вы знаете лучше :P
Я принимаю, когда Вы говорите использование "физических дисков", Вы подразумеваете выполнение дисков передачи от родительского раздела до VMs. Когда Вы делаете это, Вы теряете способность сделать подобные чистому металлу резервные копии VM (и это не изменяется с 2010 DPM). Если Вы хотите сделать полные резервные копии VM, необходимо использовать файлы VHD. С дисками передачи Ваши резервные копии будут точно так же, как физический сервер - продвигают агент DPM к самому VM и делают резервные копии исходных данных там. Это - одна из оборотных сторон к дискам передачи (Вы заканчиваете в той же ситуации при присвоении дисков непосредственно VM через iSCSI также).