Это произошло бы, если mysql сервер выходит неправильно. Можно ли проверить mysql журналы сервера.
Попытайтесь настроить страницу состояния с помощью mod_status. Если можно войти после запуска сервера, необходимо видеть страницу как это, которое показывает каждое соединение с его соответствующим vhost и URL.
Если Ваш сайт так в большой степени лавинно рассылается, что Вы не можете войти, попытайтесь работать netstat -nt | grep :80
или lsof -ni tcp:80
видеть, заполняют ли один или два адреса Ваш сайт и применяют iptables соответственно.
1) Я часто использую lsof для наблюдения то, что апач файлов/каталогов имеет открытый в течение времени высокой загрузки. Так, например (на debian/ubuntu) Вы могли работать:
lsof -u www-data
и затем получить что-то более полезное, только искать открытые файлы в корректном месте (например, / домой) и затем исключить файлы журнала, которые должны всегда быть открыты.
lsof -u www-data | grep /home | grep -v *.log
Вам, вероятно, придется выполнить это несколько раз для понимания то, что работает часто.
2) Если Ваше выполнение debian/ubuntu Вы может использовать a2ensite и a2dissite, чтобы автоматически добавить и удалить vhosts из Вашей апачской установки.