Существует поток, законченный на форумах TechNet, в http://social.msdn.microsoft.com/Forums/en-US/sqlservicebroker/thread/a5af6e9a-f3b6-4b73-ae3d-95238502d28f, который затрагивает проблему (хотя исходное сообщение не о той ошибке) и один из ответов говорится, что 3602 "проводить уведомление об аварийном прекращении работы".
Могло случиться так, что после обновления схемы некоторые транзакции или операции против этих баз данных не завершаются успешно (btw, действительно ли те тысячи (!) баз данных все идентичны со схемой т.е. базами данных для того же приложения)? Имейте свое испытанное, чтобы выполнить SQL Profiler и видеть, могли ли Вы поймать, когда 3602 происходит?
Пока Вы только выполняете то же количество экземпляров, как у Вас есть лицензии, Вы законны. Мы повторно имеем целью/перемещаем серверы (и лицензии) все время. Нет никакой активации в sqlserver, и поддержка MS никогда не смотрела на текущий ключ при выполнении любого удаленного поиска и устранения неисправностей.