Я могу неправильно понимать Ваши требования, но смотреть на Вас http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_file_systems#Distributed_file_systems
Обычно проблемами перекрестной подсети как это является связанное сетевое оборудование, не обязательно NLB. Смотрите на это сообщение в блоге от Microsoft Enterprise Сетевая команда, это входит в проблемы и возможные решения.