Создайте разделы прежде, чем установить Windows Server 2008, и он не изменит существующую структуру диска.
Сначала Windows Server 2003 установки в первом разделе, затем установите Windows Server 2008 во втором. Установка WS2008 будет заботиться обо всех деталях для Вас, включая установку двойной загрузки.
Если Вы запускаете с пустого диска, используйте установку WS2003, чтобы создать первый раздел и установить WS2003 на нем; затем используйте WS2003 для создания второго раздела; затем запустите с WS2008 DVD и установите WS2008 на втором разделе; это обработает двойную загрузку автоматически.
Да, это действительно настолько просто :-)