У Вас есть какое-либо выполнение сценариев ModRewrite? Обычно неправильный ModRewrite, который вызывает бесконечный цикл, вызывал бы это.
Вы могли бы хотеть включить директиву mod_cgi "ScriptLog", которая зарегистрирует выполнение Вашего сценария CGI.