Попробовать CoreFTP? Я проверил его только что - это действительно имеет интерфейс командной строки - но я закончил тем, что не использовал его (у меня не было требования для использования командной строки). Кроме того, некоторые функции, которые необходимо оплатить - но существуют бесплатная версия.