Не может соединиться с MySQL по TCP локально - Тайм-ауту Соединения - Ubuntu 9.04

действительно ли Вы абсолютно уверены никакого правила iptables, предотвращающего tcp/3306 трафик? попробуйте это как временное обходное решение:

iptables -I INPUT -p tcp --dport 3306 -i lo -j ACCEPT
iptables -A OUTPUT -p tcp --sport 3306 -o lo -j ACCEPT

или возможно Ваш NAT управляет к немного больше, чем, Вы ожидаете, что они сделают?

хорошо - Ваша обратная петля не только снижается, но не имеет 127.0.0.1 связанных к нему. добавьте к/etc/network/interfaces:

auto lo
iface lo inet loopback

и.. то, с какой стати сделал Вас, связало его с vnet0? удалите его оттуда.

быстрая одноразовая cmd строка фиксирует:

ip a d 127.0.0.1/32 dev venet0
ip a a 127.0.0.1/32 dev lo
ip link set dev lo up