Так как рекомендуется так или иначе иметь резервные копии перед преобразованиями файловой системы, необходимо скопировать все (не забывайте полномочия файла), где-нибудь создайте ext3 файловую систему на том разделе, затем скопируйте все назад.
В Вашем RewriteRule Вы ничего не получаете, но затем Вы ссылаетесь %2...? RewriteRule не будет воздействовать на собранные данные от regex в RewriteCond.
Обновление: На самом деле, теперь, когда я читаю Ваш код более тесно, похоже, что Вам не нужен RewriteCond. Если Вы просто пытаетесь переписать один URL как другой, можно сделать что-то вроде этого:
RewriteRule ^searcha\.php\?name=(www\.)?([^/\ ]+)[^\ ]* http://www.mydomain.com/%2 [R=301,L]
(Вам, возможно, придется настроить это regex еще немного, так как я не уверен, чему Вы пытаетесь соответствовать),