Кроме выскочки (о котором я не знаю много), порядок определяется числом в rcX.d каталоге (где X уровень выполнения).
Обычно, в Ubuntu, нормальная эксплуатация является runlevel 2. Вы вставляете свой сценарий /etc/init.d/
и сделайте символьную ссылку на /etc/rcX.d
со следующим синтаксисом:
Если Ваш сценарий number42
сделайте это:
$ sudo cp number42 /etc/init.d
$ sudo ln -s /etc/init.d/number42 /etc/rc2.d/S99number42
Остановка его будет тем же, но с K и в runlevel 0 и 6.
sysv-rc-conf может помочь Вам визуализировать который сценарии, на которых работают который runlevel.
sysv-rc-conf http://ubuntu-tweak.com/wp-content/uploads/2007/09/sysv-rc-conf.png