журнал медленного запроса mysql

Самое фундаментальное - то, что InnoDB является транзакционным. MyIsam не. MyIsam обычно немного быстрее, поэтому если Вам не нужны транзакции, который обычно является Вашим лучшим выбором. Для подробных описаний необходимо прочитать документацию MySQL.