Если Вы хотите последовательное резервное копирование, необходимо увеличить max_locks_per_transaction.
Выполнение его в блоках из сценария сделает резервное копирование непоследовательным, если у Вас будет параллельный доступ, который является, вероятно, не, что Вы хотите.
Ваша другая опция состоит в том, чтобы использовать PITR и сделать резервное копирование уровня файловой системы. Это не вынет блокировок вообще в базе данных.
просто предположение; но Вы попытались брать владение папок на HD из окон?