каковы файлы exectuing в порядке при запуске mysql?
MS имеет программу, которая запускает любую программу как услуга. Один из параметров HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\\Parameters\AppDirectory, хотя это может только относиться к этим перенесенным сервисам.
Попробуйте "набор-x" в начале сценариев, это поможет видеть, где он зависает, используйте strace и lsof для наблюдения, почему тот двоичный файл зависает.