Проверьте, что Ваш сервер MySQL отвечает достаточно быстро, проверьте загрузку сервера, использование памяти, доступ к диску (главный, свободный, vmstat, iostat).
Сколько строк Вы имеете в своей пользовательской таблице? Какой тип устройства хранения данных (MyISAM, InnoDB)?
Можно настроить сервер MySQL для закрытия неиспользованных соединений:
# /etc/my.cnf
...
# close unused connections after timeout
set-variable = wait_timeout=300
# keep 50 threads in cache
set-variable = thread_cache_size=50