В новинку для mod_auth_ldap и поиска справки
На документации Apache 2.2 каждая директива имеет строку Контекста, которая говорит Вам, где можно использовать ее. Большинство директив, требуемых установить ldap модуль, может использоваться на .htaccess файлы, таким образом, я думаю, что можно использовать его без любых существенных изменений к по всему сайту конфигурация.
Загрузка модуля должна быть сделана в httpd.conf или чем-то включенном им (не .htaccess файл), но все остальное (включение модуля, установка, как он говорит с сервером LDAP, устанавливая то, каким пользователям разрешают, и т.д.) может быть сделано в virtualhost, <каталоге>, .htaccess, <местоположении>, и т.д...
Примечание: mod_auth_ldap, mod_authz_ldap и mod_authnz_ldap все отличаются. Мой опыт, прежде всего, с mod_authnz_ldap и mod_authz_ldap; я не использовал mod_auth_ldap в долгое время.