Vim?
Просто произвольное предположение. У Вас есть файл /tmp/coordinates.txt открытым в энергии, в то время как эта проблема происходит?
Я испытал проблемы с файлом, который я редактирую в энергии, исчезающей из файловой системы и вновь появляющейся очень вскоре после. Я на самом деле никогда не видел, что файл отсутствует с ls, но я имел, например, сбой gcc в попытке открыть файл, только преуспеть во второй попытке.
Это не очень редко артефакт, это происходит регулярно в течение дня.