rsync просто thumbnail.jpg и отъезд остальных

хорошо, поэтому на самом деле прочитайте руководство всегда работает в конце...

изменение команды к;

rsync -r --prune-empty-dirs --exclude-from=/tmp/exclude src dst

и изменение исключить файл к;

# cat /tmp/exclude 
+ */
+ thumbnail.jpg
- *

работы как очарование.

Ваша проблема состоит в том что финал - * исключает все каталоги (который говорит rsync не просто, чтобы не скопировать их, но также и не пересечь их). Использовать

+ thumbnail.jpg
+ */
- *

и передача --prune-empty-dirs на rsync командная строка.