Подверсия: не Может переместить … Отклоненное Разрешение
То, в чем Вы нуждаетесь, является Синхронизацией времени, которая является функцией Гостевых Дополнений в Виртуальном Поле. Похож на него, не был установлен. Из руководства Virtualbox:
Синхронизация времени С Гостевыми Дополнениями установила, VirtualBox может гарантировать, что системное время гостя лучше синхронизируется. Это решает проблему, что операционная система обычно ожидает иметь 100% времени компьютера для себя без интерференции, которая больше не имеет место, когда Ваш VM работает вместе с Вашей хостовой операционной системой и возможно другими приложениями на Вашем хосте. В результате синхронизация Вашей гостевой операционной системы скоро будет прочь значительно. Гостевые Дополнения будут регулярно ресинхронизировать время.
Инструкции по установке здесь.
С репозиториями я справляюсь, само содержание репозитория принадлежит apache:apache. Попытка сделать что-то как root без использования sudo -u apache обычно создает эту ситуацию для меня. Польза chown -R apache.apache {repo root} будет обычно фиксировать его, как Вы указали.
Мое предположение - то, что Вы выполнили некоторую функцию через файловую систему как кто-то другой, чем корень.