Некоторые идеи:
Решение/Обходное решение: зарезервируйте одну часть имени хоста для внутренних запросов:
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^internal.dev.atizo.org [NC]
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^([0-9a-z-]+).dev.atizo.org [NC]
RewriteRule ^/(.*) http://internal.dev.atizo.org/%1/$1 [P]
Если Вы не должны обрабатывать правила после переписывания, просто добавьте "L" = "последняя" опция в квадратных скобках:
RewriteRule ^/(.*) http://%1.dev.example.com/%1/$1 [P,L]