Могло случиться так, что хост виртуализации имеет некоторые энергосберегающие функции ("Green IT"), включенная, который мог отправить неиспользованные ядра в низкую мощность/режим ожидания, вызвав интересные разрушения в использовании VMs то ядро? Я услышал, что это раньше было проблемой главным образом в средах HyperV, но это может быть что-то для изучения.
Вы взглянул на rsync? http://www.samba.org/rsync/
Если Вы действительно решаете пойти путем увеличивания стоимость Windows Server, Microsoft имеет бесплатное предложение улучшить совместимость с Unix. Это назвало Windows Services для Unix, и это позволило бы Вам предлагать совместно используемую папку через NFS, который можно затем смонтировать на машине Unix.
Можно также установить Samba на сервере Unix и смонтировать, что кто-то совместно использует на машине Unix. Существуют различные руководства для этого доступного онлайн, хотя большинство нацелено на Linux. Если это работает тот же путь, команда:
смонтируйте-t smbfs-o username=share-username, password=share-password ⁄⁄ {поле окон} ⁄ {сетевое имя} ⁄mnt ⁄ {mount-point-directory-name}