Первая вещь сначала, хотя Вам установили IIS 6 на Windows Server 2008, Ваши веб-сайты, настроена на IIS 7.
Начиная с обоих на веб-сайты указывают на то же физическое местоположение, например, C:\inetpub\wwwroot <defaultDocument>
конфигурация происходит в том же web.config файле, который расположен в C:\inetpub\wwwroot.
Было возможно настроить другой defaultDocument в IIS 6, потому что конфигурация была сохранена в файле Metabase.xml.