Вы знаете то, что подразделы заранее? Раз так можно сделать это с .reg файлом с помощью чего-то вроде этого для удаления всех подразделов Теста:
Windows Registry Editor Version 5.00
[-HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Test\Key1]
[-HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Test\Key2]
[-HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Test\Key3]
[-HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Test\Key4]
Знак "минус" в начале строки говорит этому удалять тот ключ, полный синтаксис здесь: http://support.microsoft.com/kb/310516
В противном случае затем Вы ищете сценарий, это перечислит все подразделы и затем пройдет удаление их всех один за другим. У меня есть тот, который это сделает это на работе, но я дома и не могу добраться до него!