Какой протокол сервер VPN использует, PPTP, L2TP, IPSEC?
Сколько RAM Вы имеете на машине? Если это слишком мало, это могло бы дросселировать и повреждать подкачку. Это может объяснить низкие скорости на использовании низкого CPU.
Вы уверены, что знаете все, что сценарии делают? Возможно, процесс является связанным диском. Выполняются некоторые машины Linux makewhatis
каждую ночь и обновление база данных, используемая locate
. Для этого они сканируют весь диск, составляющий список имен файлов. Существует много ввода-вывода, но не большого использования ЦП. Возможно, Windows делает что-то подобное? Компиляция статистики путем парсинга блогов?
Если Вы действительно делаете много SQL-запросов, возможно, они работают на неиндексируемых полях больших таблиц, и MySQL должен просканировать через большое количество записей. Я думаю, что необходимо более тщательно изучить то, что ночной процесс делает для разыскивания, почему он занимает много времени.