Хм - это работает:
appcmd.exe list site -id:2
Это не делает:
appcmd.exe stop site -id:2
Можно создать ~/.ssh/rc (на удаленном хосте) с командами, которые Вы хотите, работает каждый раз, когда пользователь входит в систему. Это будет выполняться до вызова оболочки.
См. sshd страницу справочника, раздел SSHRC, для получения дополнительной информации (отметьте особенно комментарии относительно необходимости установки xauth, если этот файл развертывается.)
Я не понимаю хорошо, в чем Вы нуждаетесь, но возможно экранируете, может помочь Вам.