Я закончил тем, что решил его этот путь:
sudo dpkg --get-selections | grep apache
sudo dpkg --get-selections | grep php
найти все apache/php пакеты, и затем
sudo apt-get remove --purge apache2 apache2-mpm-worker apache2-threaded-dev apache2-utils apache2.2-common libapache2-mod-python libapache2-mod-python-doc libapache2-mod-wsgi
полностью удалить их.
Затем переустановленный то же использование пакетов
sudo apt-get install apache2 apache2-mpm-worker apache2-threaded-dev apache2-utils apache2.2-common libapache2-mod-python libapache2-mod-python-doc libapache2-mod-wsgi
Это дает Вам абсолютно новую установку Apache и PHP.
Благодаря http://dancingpenguinsoflight.com/2009/02/how-to-completely-reset-an-apache-instance-in-ubuntu/
после того, как набег сделан, восстановив, Вам, возможно, придется установить личинку на втором диске обычно grub-install
или в консоли личинки root (hdX,Y); setup (hdX)
достаточно