(источник: oreilly.com)
Книга выше является очень хорошим местом, чтобы начать читать о MySQL и его различных механизмах устройства хранения данных, а также за и против каждого.
http://oreilly.com/pub/pr/2031
Вы могли бы контроль с помощью rsync для локального резервного копирования